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通常，從城市自來水送出的自來水，都是經過嚴格凈化處理和消毒的，水質符合我國《生活飲用水標準》，但是，自來水從水廠輸出后，流入輸水管網再到各個用戶的過程中，就有可能再次受到污染。例如輸水管、水箱的內壁都是與生活用水接觸最密切的部位，其內壁涂料的質量會直接影響到水質，如果太陽能熱水器儲水箱的密封不嚴，鋁制或鐵制的水箱內易生銹、生藻，使其含有水溶性的有毒成分，甚至具有致癌性的成分溶入水中，就造成了對水質的污染。

太陽能熱水工程的水箱是經過儲水箱的儲存，經熱能轉換后成為熱水又供給用戶，所以熱水器的內外質量是影響使用衛生的關鍵。
太陽能熱水器水箱有采用鋁、鋁合金、不銹鋼、石英玻璃等材料制成，不銹鋼優于其他鋁材、角鐵、彩鋼等材料，儲水質量和保溫性能較好，不易出現水垢、銹跡。而據專家介紹，太陽能熱水器水箱屬于二次儲水，即將自來水儲蓄一段時間后才使用。
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